手元の Android 端末（Xperia Z Ultra）は、マルチユーザーに対応していませんので、マルチユーザー環境で adb backup がどの様に動作するかテストできません。
その為、SDK の Android Virtual Devie（AVD)を使い、エミュレータ上にマルチユーザー環境を作成してテストしてみたいと思います。
Android Virtual Device(AVD) Manager を起動し、AVD の作成メニュー上で Device は Tablet を指定しておきます。手元では 10.1"WXGA(Tablet)(1280x800:mdpi) を選択しました。マルチユーザーはタブレット用のもので、一定のサイズ以上でないと使えないようですが、テスト目的ですので素直に Tablet と書いてある項目を選択しています。
作成した AVD を起動し（言語は日本語へ変更）設定 の項目を確認してみると、肝心の「ユーザー」の項目が見当たりません。
少し検索してみると、どうやらデフォルトではユーザー数が 1 に設定されているようで、設定を変更してあげる必要があるようです。
Android:エミュレータでマルチユーザ機能を確認する
http://yuki312.blogspot.jp/2013/02/android.html
上記の内容を参考に、adb shell から下記のコマンドを実行したところ、設定⇒ユーザーが選択できるようになりました。（下記では 4ユーザーを指定しています）
root@generic:/ # setprop fw.max_users 4
setprop fw.max_users 4
後はユーザーを追加すれば、ホーム画面上で Owner 以外のユーザーが選択できるようになります。
エミュレータ上の端末ですので、adb shell から root 権限でアクセスできますので、フォルダ構造の確認などは容易です。マルチユーザーのフォルダ構造については下記URLがとても参考になります。
マルチユーザ対応 Android 4.2以降の内部ストレージと外部ストレージ (4.4対応を追記)
エミュレータには Google Play がありませんので、adb install コマンドで APK ファイルを指定してインストールする事になります。
例えば LINE の APK を adb install コマンドを使いインストールすると、両方のアカウントから LINE アプリケーションが見える状況になります。（個別のユーザーに対してだけ adb install でアプリケーションのインストールを実行するという事はできないようです）
