IIS 6.0 のログファイルは規定では Windows\System32\Logfiles ですが、これを移動させた場合に設定すべきフォルダのアクセス権についてのメモ。
『インターネット インフォメーション サービス 6.0 をセキュリティ保護する』より引用
IIS ログ ファイルに ACL を設定するには
1.[スタート] メニューをクリックして [マイ コンピュータ] を右クリックします。次に、[エクスプローラ] をクリックします。
2.ログ ファイルを配置するフォルダを参照します。
3.フォルダを右クリックして [プロパティ] をクリックします。次に、[セキュリティ] タブをクリックします。
4.上のペインで、[Administrators] を選択し、下のペインのアクセス許可が [フル コントロール] に設定されていることを確認します。
5.上のペインで、[System] をクリックし、下のペインのアクセス許可が [フル コントロール] に設定されていることを確認します。次に [OK] をクリックします。
引用ここまで。
上記引用部分から、管理者グループ（Administrators）とシステム（System）に権限を与える必要があるとわかります。
システム（System）に権限を与えるのは IIS のサービスが LocalSystem 権限で実行されていることからだと思うのですが、ここでログの出力先フォルダに System がアクセス権を持たない場合の動作がよくわからずはまってます。
