ためしに「Windows\System32\Logfiles\W3SVC1」のアクセス権をログ管理用のアカウントのみフルコントロールを設定。Administrators と System の権限は削除した状態で IIS へアクセスしてもログファイルはちゃんと作成されます。
デフォルトではフォルダの所有者が Administrators*1 なので、所有者をログ管理用のアカウントに変更すると、やっと？ログファイルの作成が失敗します。
*1:所有者を LocalSystem に設定した場合でもログは作成されます
