レイアウト情報(Layout.ini)
Prefetch フォルダには、Layout.ini というテキストファイル(文字コードは UTF-16LE)もあります。このファイルに関する説明がマイクロソフトの資料に記述されています。
Microsoft Windows XP パフォーマンス*1より引用ここから
Windows XP は既定で 3 日に 1 回、部分最適化を実行して、現在の使用に応じてディスク レイアウトを調整します。移動するファイルは Layout.ini ファイルに書き込まれます。このファイルはシステム ルート ディレクトリ下の Prefetch ディレクトリにあります。
引用ここまで。
起動時のパフォーマンスを上げるために、デフラグ時によく使うファイルを最適化するためのファイルのようですが、これはこれで(プログラムファイルのパスなどの)参考になりそうですかね。
More about the Prefetcher
http://windowsir.blogspot.com/2005/03/more-about-prefetcher.html